旷工3天自离是不会记入档案的，人事档案当中对于个人的工作经历对今后找工作一般不会有比较大的影响。旷工离职工资的扣除方式是依据单位制作的规章制度决定。
一、
旷工3天自离会记入档案吗
旷工3天自离不会被记入档案。被用人单位辞退的，不会计入档案。现在是市场经济，档案的作用不大。并且，一般的用人单位是无档案代理权的。
《劳动合同法》第三十九条
劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）被依法追究刑事责任的。
二、
旷工离职工资怎么扣
旷工离职工资扣除方式是需要根据用人单位的具体规章制度进行处罚。法律未具体明确规定。找法网提醒您，对于员工应当按照合同的约定履行各自的义务，遵守用人单位的规章制度，无正当理由经常无故旷工连续超过15天或者旷工超过30天的，企业有权予以除名。用人单位有制定规章制度的权利，规章制度的建立经过公示，规定了旷工的处罚，是发生效力的。
根据《劳动合同法》第二十九条的规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。
三、
旷工离职工资不发怎么打电话投诉
旷工离职工资不发打电话投诉的方式是：拨打12333电话投诉。全国劳动保障电话咨询服务专用号码为12333，劳动者也可以向劳动行政部门举报，由该部门责令期限支付足额的劳动报酬。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条
用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。