处罚商标侵权者的方式是先向工商行政管理部门申请处理，被认定侵权行为成立时，应当责令停止侵权行为，并对侵权的财产进行没收，以及销毁侵权的工具等。
一、
如何处罚商标侵权者
商标侵权惩处的方式是工商行政管理部门处理时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁工具，并可以处以相应的行政罚款。若协商犯罪的，应当依法处以相应的刑事处罚。但一般情况下，商标侵权仅涉及民事纠纷，也可以由当事人自行协商处理。
二、
认定商标侵权行为的要件
1.损害事实的客观存在。
2.行为具有违法性。
3.违法行为与造成损害的事实之间具有法律上的因果关系。
4.违法行为是由于当事人的过失或故意造成的。
三、
商标侵权的赔偿标准是什么
商标侵权的赔偿标准如下：
1.侵犯商标专用权的赔偿数额，按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定，包括被侵权人为制止侵权行为所支付的合理开支。
2.实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定;
3.权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该商标许可使用费的倍数合理确定;
4.对恶意侵犯商标专用权，情节严重的，可以在按照上述方法确定数额的一倍以上三倍以下确定赔偿数额。
找法网提醒您，侵权人因侵权所得利益，或者被侵权人因被侵权所受损失难以确定，当事人就赔偿数额达成协议的，人民法院应当准许。
权利人因被侵权所受到的实际损失、侵权人因侵权所获得的利益、注册商标许可使用费难以确定的，由人民法院根据侵权行为的情节判决给予三百万元以下的赔偿数额。