进行土地增值税清算的时间是转让土地使用权时；房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上时可以清算；整体转让未竣工项目时清算。房地产开发商完成销售时。
一、
什么时候应进行土地增值税清算
进行土地增值税清算的时间：
符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算：
1.房地产开发项目全部竣工、完成销售的；
2.整体转让未竣工决算房地产开发项目的；
3.直接转让土地使用权的。
4.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；
二、
土地增值税清算扣除项目包括什么
土地增值税清算扣除项目：
1.房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场（库）等公共设施。
2.房地产开发企业销售已装修的房屋，其装修费用可以计入房地产开发成本。
3.房地产开发企业在工程竣工验收后，找法网提醒您，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除。
5.房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费；回迁户支付给房
6.货币安置拆迁的，房地产开发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。
三、
土地增值税预征率是多少
土地增值税预征率：
1.对房地产开发企业建造的普通住宅，按2％的预征率预征土地增加税；
2.预计增加率大于100％且小于或等于200％的房地产开发项目，预征率为5％；预计增加率大于200％的房地产开发项目，预征率为8％。
3.公共租赁住房、廉租住房、经济适用房、城市和国有工矿棚区改造安置住房等保障性住房，仍暂不预征。