宅基地在农村确权登记的流程是申请人向人民政府提出确权申请并提交材料，材料审核通过后办理确权登记。宅基地确权纠纷的处理方式是协商解决；行政解决；司法解决等。
一、
宅基地如何在农村确权登记
农村宅基确权的一般流程如下：
1.申请人向乡（镇）人民政府提出确权申请；
2.提交申请书等材料；
3.材料经过审核，符合确权条件的，办理确权登记。
根据《土地管理法》第六十二条第一款、第二款、第四款的规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级人民政府在充分尊重农村村民意愿的基础上，可以采取措施，按照省、自治区、直辖市规定的标准保障农村村民实现户有所居。
农村村民住宅用地，由乡（镇）人民政府审核批准；其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
二、
宅基地确权纠纷怎么处理
宅基地确权纠纷，当事人可以通过以下途径处理：
1.协商解决
2.行政解决
个人之间，个人与单位之间争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。侵犯土地的所有权或者使用权争议，由县级以上地方人民政府土地管理部门责令停止侵犯、赔偿损失。
3.司法解决
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以在接到处理决定通知之日起30日内，向人民法院起诉。对于侵犯土地的所有权或者使用权的，被侵权人可以不经行政机关的处理，而直接向人民法院起诉。
4.宅基地纠纷还可以通过人民调解来解决。人民调解是指在调解委员会的主持下，以国家的法律、法规规章、政策和社会公德为依据，对民间纠纷当事人进行说服教育、规劝疏导，促进纠纷当事人互相谅解，平等协商，从而自愿达成协议，消除纷争的一种群众自治活动。
三、
宅基地确权变更所需的资料
宅基地确权变更所需的资料大致如下：
1.登记申请书;
2.申请人的身份证明;
3.房屋所有权证书;
4.宅基地使用权证明或者集体所有建设用地使用权证明;
5.证明房屋所有权发生转移的材料;
6.其他必要材料。
找法网提醒，申请村民住房所有权转移登记的，应当提交农村集体经济组织同意转移的证明材料。农村集体经济组织申请房屋所有权转移登记的，还应当提交经村民会议同意或者由村民会议授权经村民代表会议同意的证明材料。